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系统性红斑狼疮被认为是自体免疫性疾病，机体多系统受损，精神障碍的发病机制复杂，与以下脑部病理生理变化有关：
1.脑部血管壁和脉络丛可查出免疫复合物和γ-球蛋白的沉淀；脑脊液中补体水平下降；血脑屏障存在DNA和抗DNA抗体免疫复合物，使淋巴细胞毒得以通过血脑屏障引起脑部广泛损害。
2.自身抗体中有抗脑细胞原生质抗体，直接损害中枢神经系统。
3.由于系统性红斑狼疮损害心，肝，肾等重要脏器，继发严重的合并症而引起脑功能损害，出现精神症状。
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